在微生物菌肥的选择上，经销商标准各不相同。对此，陕西师范大学生命科学学院微生物学教授陶树兴建议：首先，要选择正规厂家的产品。
具备农业部微生物肥料登记证，包括：微生物菌剂登记证、生物有机肥登记证，或复合微生物肥料登记证；
其次，要核对执行标准。农用微生物菌剂执行的是国家标准，为GB 20287-2006，生物有机肥和复合微生物肥执行的是行业标准，分别为NY884---2012和NY/T 798-2015；
再次，要查看包装袋上菌数的标注。菌剂中的有效活菌数含量要≥2亿/克，生物有机肥和复合微生物肥中的有效活菌数含量要≥2000万/克。
在满足以上3个条件的情况下，用户可以根据所需要的功能选择含有特定功能菌种的微生物菌肥。